попробуй разнести винт и привод по разным веткам питания, и щлейфам.
вобщем то, возможно, проги используют одну библиотеку на винте (dll), для доступа к диску, или регуляции скорости вращения шпенделя . Тогда необходимо сделать полную проверку винта..