Имхо гонять раздел с данными из одной файловой системы в другую - изврат...
Рабочие данные держу на FAT32, точнее на отдельном шифрованном винте.
Под музыку и фильмы, если уж нужно сожительствовать с виндой, оставляю ntfs-раздел, бо под линуксом не переписываю-удаляю регулярно кино и мп3.
поставить на FAT эту ОС нельзя
Вроде можно, есть надстроечка, добавляющая поверх FAT-файлов юниксовые атрибуты и симлинки. Не знаю, использует ли кто-нибудь её всерьез.
NTFS современные дистрибудтивы обычно читают, но стандартными средставами пишут далеко не всегда (надо доки копать, чтобы это дело настроить)
У "обычных средств" в ридми предупреждение, что после каждой записи на NTFS надо запускать отдельную утилу, которая исправит внесенные ошибки

Сейчас, говорят, ntfs-3g нормально работает, "убунту 7.10 пишет в нтфс из коробки" - это о ней?